Στο ζήτημα, όμως, των μεταπτυχιακών σπουδών η διαφωνία μεταξύ υπουργείου και πρυτάνεων δεν φαίνεται να γεφυρώνεται, κι αυτό γιατί στην ουσία πρόκειται για διαφορετική θεώρηση της παιδείας, με τη σύνοδο να αντιτίθεται στην πρόθεση του υπουργείου να ρυθμιστεί το ζήτημα του ύψους των διδάκτρων, μέσω της αιτιολόγησης του ποσού που ζητείται, του περιορισμού της έξτρα μισθοδοσίας των καθηγητών και της απαλλαγής των οικονομικά ασθενέστερων φοιτητών.