Το Γηροκομείο Αθηνών απασχολεί συχνά την επικαιρότητα για το όργιο κακοδιαχείρισης της περιουσίας του και τα χρέη που έπληξαν την ίδια τη λειτουργία του. Η διοίκησή του κηρύχθηκε έκπτωτη τον Σεπτέμβριο του 2016, ενώ η Εισαγγελία Διαφθοράς από το 2013 έχει ασκήσει ποινική δίωξη σε τρία πρώην μέλη της διοίκησης για τέσσερις κακουργηματικού χαρακτήρα πράξεις.
Ενδεικτικό της κακοδιαχείρισης του Γηροκομείου Αθηνών, το οποίο ανήκει στην Ελεήμονα Εταιρεία Αθηνών, είναι το γεγονός ότι ενώ το 2004 λειτουργούσαν έντεκα κτήριά του με 400 φιλοξενούμενους, το 2016 είναι ανοιχτά μόλις τρία με 120 φιλοξενούμενους. Το 2004, από την τεράστια περιουσία του Γηροκομείου, που ίσως είναι η τρίτη ή τέταρτη σε μέγεθος μετά την περιουσία της εκκλησίας στο ελληνικό κράτος, ήταν μισθωμένα 300 ακίνητα από περίπου 500 που έχει. Το 2016 είναι μισθωμένα 190 ακίνητα και δεν εισπράττονται από αυτά χρήματα.
Το 2008 το υπουργείο Οικονομικών σε έκθεσή του υπολόγισε ότι το 2006 το έλλειμμα ξεπερνούσε τα 4,5 εκατ. ευρώ. Το 2007 τα έξοδα του Γηροκομείου εκτοξεύθηκαν στα 12.355.000 ευρώ, με τα έσοδα να μένουν στα 5.822.000. Και η πορεία αυτή συνεχίστηκε, με αποτέλεσμα αυτή τη στιγμή να χρωστάει στο ΙΚΑ, την εφορία, τους εργαζομένους -που παρέμεναν απλήρωτοι από το 2010- και στους προμηθευτές τεράστια ποσά.
